馬祖酒廠成立于1956年，位于南竿鄉復興村牛背嶺山脊，以高粱大曲酒為主要產品。馬祖各種名酒皆引山坡附近之甘泉釀酒，井泉水質甘美，品質精純，所釀醇酒味芬香馥烈，屬上品，而陳年老酒必須存放至陰冷的山洞坑道中二年以上才能銷售，是福州風味十足的酒種，廠內規劃設置有展示室及多媒體簡報，游客可前往參觀。
馬祖酒廠（現南竿廠）成立于1956年3月7日，原名是「中興酒廠」隸屬馬祖戰地政務委員會.創立之初，廠址設在復興村（1994年已改建為酒廠庫房），租用民舍，設備簡陋，仍循土法釀酒。后經積極經營，不斷研究發展創立，1969年擇定復興村208號位置擴建廠房，第二年10月10日遷建于現址，更名為「馬祖酒廠」，陸續更新設備，始初具規模，產量逐年遞增。1977年再次擴建廠房，增添設備，加強研究發展，積極吸取釀酒技術，發揮克難創業精神，逐年增產，以應市場所需。
南竿廠早年以釀造高粱酒、大曲酒、陳年老酒及各式紀念酒為主，1969年為拓展銷路，研制萬壽、延壽、風濕、黃龍、青春露等五種藥酒，向行政院衛生署申請執照，經檢驗核準在臺銷售。1989年，研制云臺古酒再制酒一種供銷市場。
1983年設立馬祖特產中心于臺北市，供銷各種馬祖酒類，并與臺灣酒公賣局協商將馬祖酒納入公賣系統，供銷高粱酒，以維系酒廠的產能。
1992年戰地政務終止，馬祖酒廠脫離軍方掌控，改隸連江縣政府，供銷公賣局高粱酒于1994年終止，酒廠采代工方式覓經銷商代理銷售業務，歷年來代理商包括東宇、鈞岱、國民國際、國銘、金百利、泰景、東順興、云臺等公司協助代銷。1999年起，由統一集團旗下世華企業公司取得總代理權，重新以新的品牌推出「八八坑道」系列高粱酒，由于營銷廣告有作用，打響了人氣度，馬祖酒品在臺的銷售，蒸蒸日上。
